Мужские институты посвящённой Богу жизни представлены священниками, которые несут служение в приходах Епархии. В их задачи входит окормление вверенной им паствы на территории прихода и в окрестных пунктах. В условиях восстановления церковных структур на территории Западной Сибири, зачастую им приходилось заниматься строительством храмов и приходских помещений. Особую роль играет служение милосердия. Приходским настоятелям необходимо также поддерживать диалог с представителями государства, Русской Православной Церкви и других религий. Самой главной задачей остаётся проведение Литургии, отправление Таинств и совершение богослужебных обрядов.

Вместе с тем, священники-монахи, верные харизме своих основателей, вносят в религиозную жизнь Епархии разнообразие даров Святого Духа. Иезуиты занимаются культурным центром “ИНИГО” и католической гимназией в Томске. Францисканцы уже более 25 лет руководят общеобразовательной школой в Новосибирске. Священники Братства Святого Карло Борромео стояли у истоков Сибирской Католической Газеты и других образовательных и культурных проектов. Редемптористы и лазаристы поддерживают благотворительные проекты и способствуют распространению общекультурных ценностей во вверенных им пунктах. Многие монахи являются членами различных комиссий.

Своей жизнью в общинах монахи являют свидетельство любви и верности Христу. Всего в Преображенской епархии служат 18 монахов из 7 разных конгрегаций.